卡勒姆林奇（迈克尔法斯宾德 饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂歌迪亚 饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米艾恩斯 饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔威廉姆斯 饰）暗示了卡勒姆林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……
